1127 - Van priorij naar abdij
Rond 1127 kwamen de eerste monniken naar Vlierbeek. Spoedig werd de nieuwe stichting verrijkt met schenkingen door leden van de Brabantse adel en andere welgestelden en verwierf ze veel aanzien. De monniken namen hun intrek in kleine voorlopige kloostergebouwen naast een bestaande kapel, vermoedelijk in steen.
Als priorij, afhankelijk van Affligem, wenste Vlierbeek autonomie. Het wendde zich, met de steun van de hertog en de bisschop van Luik, tot tegenpaus Victor IV (1159-1164) die door keizer Frederik Barbarossa (1152-1190) was aangewezen omdat de rechtmatige paus Alexander III zich in Italië tegen hem verzette.
De tussenkomst van Victor IV ligt vast in twee bullen uit 1163. Hij verweet Affligem nalatigheid ten overstaan van Vlierbeek, schonk dit laatste klooster een volledige zelfstandigheid en beval het binnen de maand een eigen abt te kiezen. De monniken gingen hierop in en op 18 augustus 1163 werd Evrardus (1163-1173) tot eerste abt gewijd.
Affligem legde zich evenwel niet neer bij deze gang van zaken. In 1173, na tussenkomst van de Brabantse hertog, van kerkelijke hoogwaardigheidsbekleders en van edelen, werd hierover een compromis bereikt. Het legde aan Vlierbeek strenge voorwaarden op. Vlierbeek mocht een eigen abt kiezen, maar die moest steeds te Affligem geprofest zijn. De abt van Affligem behield zich in Vlierbeek het visitatierecht voor. Hij mocht er het kapittel bijeenroepen en voorzitten; hij bepaalde de agenda en nam de eindbeslissing. De abt van Vlierbeek kon advies uitbrengen, maar moest zich bij de beslissingen neerleggen. Als erkenning van een blijvende afhankelijkheid zou de abt van Vlierbeek jaarlijks een gouden denier neerleggen op het altaar in Affligem.
Het conflict laaide in 1257 terug op. Vlierbeek vroeg, verwijzend naar de beslissing van tegenpaus Victor IV, aan paus Alexander IV (1254-1261) om de volledige onafhankelijkheid van Vlierbeek te bevestigen. In de procedure werden verschillende bemiddelaars aangesteld, waaronder de abt van Park en de deken van Sint-Rombouts te Mechelen, in een latere bul onder meer ook de bisschop van Atrecht. Toen bleek dat Vlierbeek zich eigenlijk beriep op de beslissing van een onwettige paus besliste paus Alexander IV dat het compromis van 1173 onverkort moest gehandhaafd blijven. De beslissing zelf is niet bewaard maar uit latere documenten blijkt dat het compromis bij herhaling werd ingeroepen en toegepast. Formeel bleef de daaruit volgende afhankelijkheid van Vlierbeek ten aanzien van Affligem dus van kracht, maar die verloor gaandeweg alle praktische betekenis.